PET-CT在非肿瘤方面也有巨大的临床应用，如神经精神系统、心血管系统等方面均有广泛的应用。如：PET-CT对癫痫灶准确定位及抑郁症、帕金森氏病、老年性痴呆等疾病的研究;心肌活力测定等。

　　18F-FDG PET/CT现已被用于多种感染病灶的研究，其诊断灵敏度和特异性均超过90%，尤其对于肺炎、结核菌感染、局灶性感染，PET/CT发现病灶的作用表现得最为明显。

　　18F-FDG PET/CT在诊断大动脉炎具有高度的灵敏度及特异度，不仅可早期诊断，还可评估疾病的活动程度及判断疗效。

　　在风湿性疾病中，PET/CT有助于鉴别诊断。例如，成人斯蒂尔病临床诊断困难，需要排除感染性疾病、血液病、淋巴瘤、系统性红斑狼疮等疾病，尤其是与淋巴瘤的鉴别诊断有一定困难。

　　成人斯蒂尔病患者PET/CT显像示脾、骨髓或者淋巴结高代谢，与国外报道成人斯蒂尔病PET/CT的显像结果相一致。PET/CT的这种表现对成人斯蒂尔病可能具有很高的诊断价值。

　　淋巴结良恶性病变有时很难鉴别，鉴别诊断的金标准是淋巴结病理，但是由于选取部位的差异，会出现假阴性。PET/CT可以依据FDG代谢值的差异来选取活检部位，提高病理诊断的准确性。在自身免疫性疾病的研究方面，PET/CT会给我们提供很有价值的帮助，有助于排除其他肿瘤性疾病。

　　目前，PET/CT在非肿瘤疾病诊断方面也基本达到了定位和定量的作用，减少不必要的检查，为临床进一步诊断提供了重要的参考价值。